Đạo Tin Lành đi theo hướng xây dựng các giáo hội riêng lẻ, độc lập với những hình thức khác nhau theo từng hệ phái khác nhau hoặc theo từng quốc gia.
Trong đạo Tin lành cũng có hàng giáo phẩm để lo công việc hoạt động mục vụ và để “hầu việc Chúa”.
Về cơ cấu tổ chức đạo Tin Lành
Trong đạo Tin lành, cơ cấu tổ chức Giáo hội được quy định theo hướng các hệ phái Tin lành đa số chủ trương giao quyền tự trị cho các Giáo hội quốc gia; Giáo hội quốc gia lại giao quyền tự lập, tự trị, tự dưỡng cho các Hội thánh cơ sở. Các cấp Giáo hội bên trên sẽ được hình thành trên cơ sở phù hợp với hoàn cảnh, điều kiện cho phép. Thậm chí trong một số hệ phái Tin lành còn cho tín đồ tự do tách khỏi hệ phái này để tham gia vào các hệ phái khác, hoặc đứng độc lập.
Cấp lãnh đạo Giáo hội (Tổng hội) của các hệ phái Tin lành không nhất thiết phải được cấu thành bởi các vị trong hàng giáo phẩm một cách cố định như đạo Công giáo mà tham gia lãnh đạo Giáo hội còn có cả tín đồ. Việc bầu cử lãnh đạo Giáo hội được thực hiện một cách dân chủ và cấp lãnh đạo Giáo hội hoạt động theo từng nhiệm kỳ (đa số các hệ phái Tin lành tổ chức thực hiện bầu các chức danh lãnh đạo thông qua việc bầu trực tiếp hoặc phiếu kín).
Đại hội các cấp của Giáo hội (ở chi hội được gọi là hội đồng; ở cấp bên trên gọi là Đại hội đồng) có vị trí rất quan trọng vì nó quyết định các công việc của tổ chức trong hoạt động tôn giáo và xã hội, cũng như việc thay đổi cơ cấu tổ chức, nhân sự, lề lối làm việc của giáo hội. Thành phần tham dự Đại hội đồng gồm có các Mục sư, Truyền đạo là đại biểu đương nhiên và đại biểu là tín đồ do các chi hội cơ sở bầu ra theo quy chế và số lượng được quy định. Tùy theo từng hệ phái mà Đại hội đồng có thể tiến hành nhiệm kỳ trong 03 năm hoặc 05 năm.
Ngoài hai sinh hoạt về mặt tổ chức là Hội đồng (ở cấp cơ sở) và Đại hội đồng (ở cấp Trung ương Giáo hội) thì các hệ phái Tin lành còn duy trì hình thức sinh hoạt Bồi linh (còn gọi là linh tu) giành cho các chức vụ trong hàng giáo phẩm để nâng cao trình độ thần học và “bồi bổ đời sống thuộc linh”.
Về hàng giáo phẩm đạo Tin Lành
Đạo Tin lành cũng có hàng giáo phẩm như đạo Công giáo. Hàng giáo phẩm của đạo Tin lành có 02 chức: Mục sư (tên gọi theo kinh thánh) và dưới Mục sư có thêm chức Truyền đạo (hay còn gọi là giảng sư). Một số hệ phái Tin lành như: Trưởng lão, Giám lý, Cơ dốc phục lâm còn duy trì chức Giám mục .
Trong hàng giáo phẩm của đạo Tin lành chủ yếu là nam, song một số hệ phái cũng có tuyển chọn chức vụ là nữ. Đa số các hệ phái Tin lành, vợ Mục sư cũng được đào tạo để trở thành Truyền đạo để hỗ trợ cho công việc của chồng.
Hàng giáo phẩm của đạo Tin lành không áp dụng đời sống độc thân như hàng giáo phẩm của đạo Công giáo. Các mục sự, truyền đạo của đạo Tin lành được lấy vợ, lấy chồng để xây dựng gia đình riêng. Mục sư, truyền đạo của các hệ phái Tin lành là những tín đồ bình thường được tuyển chọn, đào tạo riêng theo khả năng cho phép của từng tổ chức, hệ phái. Sau thời gian học tập, các tập sinh phải trải qua thời gian tập sự rồi mới được bổ nhiệm chức Truyền đạo; sau thời gian giữ chức Truyền đạo nếu thấy có đủ điều kiện mới phong chức Mục sư.
Việc phong chức Mục sư được thực hiện theo quy chế riêng do Hội đồng có thẩm quyền của Giáo hội tiến hành. Một số hệ phái Tin lành lại áp dụng quy chế tín đồ bầu ra Mục sư hoạt động trong từng thời gian nhất định. Các hoạt động của Mục sư, Truyền đạo của đạo Tin lành chịu sự giám sát của tín đồ. Nhiều hệ phái còn cho tín đồ bỏ phiếu tín nhiệm Mục sư, Truyền đạo trong dịp tổ chức hội đồng ở hội thánh cơ sở. Nếu Mục sư, Truyền đạo không có đủ uy tín thì không được quyền quản nhiệm hội thánh cơ sở nữa.
Các Mục sư, Truyền đạo quản nhiệm hội thánh cơ sở được coi là “người chăn bày” nhưng không có thần quyền, nghĩa là không có quyền thay Thiên Chúa ban phước, tha tội cho tín đồ, không phải là cầu nối trung gian trong mối quan hệ giữa tín đồ với Đấng thiêng liêng. Do đó vai trò đối với tín đồ của giáo sỹ đạo Tin lành không tuyệt đối như giáo sỹ của đạo Công giáo.
Như vậy qua tìm hiểu cho thấy hệ thống tổ chức của đạo Tin lành không có nhiều cấp như đạo Công giáo và cơ cấu phẩm trật của đạo Tin lành cũng đơn giản hơn so với đạo Công giáo. Chính vì sự đơn giản trong cơ cấu tổ chức và hàng ngũ giáo phẩm nên hiện nay đạo Tin lành cũng đang là một tôn giáo dễ thích nghi trong đời sống.