Cơ cấu tổ chức của Hội đồng Giám mục Việt Nam gồm Ban Thường vụ (không quy định số lượng), với các chức danh: Chủ tịch, một hoặc nhiều Phó chủ tịch, Tổng thư ký, một hoặc nhiều Phó Tổng thư ký (Phó Tổng thư ký có thể là một linh mục). Có 17 Ủy ban do các giám mục phụ trách như: Uỷ ban Giám mục về Giáo Lý, về Phụng tự, về Thánh nhạc và nghệ thuật Thánh, về Giáo sĩ và chủng sinh, về Tu sĩ, về Giáo dân, về Kinh thánh, về Văn hoá, về Phúc âm hoá… Nhiệm kỳ của Hội đồng Giám mục là 3 năm. Từ ngày thành lập đến nay Hội đồng Giám mục Việt Nam đã qua 14 nhiệm kỳ. Hiện nay đang là nhiệm kỳ 14 (2019-2022), với 17 Ủy ban, 46 giáo mục, 2 Hồng y.
Công giáo Việt Nam hiện có 03 Giáo tỉnh với 27 giáo phận: Giáo tỉnh Hà Nội có 11 giáo phận: Hà Nội, Hải Phòng, Lạng Sơn, Bắc Ninh, Hưng Hoá, Bùi Chu, Phát Diệm, Thái Bình, Thanh Hoá, Vinh và Hà Tĩnh. Giáo tỉnh Huế có 6 giáo phận: Huế, Đà Nẵng, Qui Nhơn, Nha Trang, KonTum và Buôn Mê Thuột. Giáo tỉnh Sài Gòn có 10 giáo phận: Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh, giáo phận Vĩnh Long, Cần Thơ, Mỹ Tho, Đà Lạt, Long Xuyên, Phú Cường, Xuân Lộc, Phan Thiết và Bà Rịa.
Bên cạnh tổ chức mang tính chất hành chính điều hành hoạt động của Giáo hội như giáo phận, giáo xứ, Công giáo còn có hệ thống các dòng tu. Ở Việt Nam hiện có rất nhiều dòng tu của Công giáo, theo thống kê năm 2018 của Ủy ban Tu sĩ, Hội đồng Giám mục Việt Nam có 285 dòng tu, trong đó hiện có 76 dòng tu đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp đăng ký hoạt động, chấp thuận thành lập.
Công giáo Việt Nam hiện có 11 cơ sở đào tạo gồm: Học viện Công giáo Việt Nam; Đại Chủng viện Thánh Giuse Hà Nội; Đại Chủng viện Đức Mẹ Vô Nhiễm Bùi Chu (Nam Định); Đại Chủng viện Thánh Tâm Thái Bình (Thái Bình); Đại Chủng viện Vinh Thanh (Nghệ An); Đại Chủng viện Huế (Thừa Thiên Huế); Đại Chủng viện Sao Biển – Nha Trang (Khánh Hòa); Đại Chủng viện thánh Giuse Thành phố Hồ Chí Minh; Đại Chủng viện thánh Giuse Xuân Lộc (Đồng Nai); Cơ sở II Đại Chủng việnThánh Giuse Xuân Lộc tại Đà Lạt (Lâm Đồng); Đại Chủng viện Thánh Quý (Cần Thơ).
