Theo Hiến chương của Giáo hội Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam, hệ thống chức sắc, chức việc của Giáo hội Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam như sau:
– Chức sắc của Giáo hội Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam là những tín đồ đã qua các khoá học Giáo lý hoặc Y lý, thi và đỗ tốt nghiệp, được tấn phong nếu hội đủ những tiêu chuẩn theo qui định của Giáo hội và qui định của pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo. Ngoài ra chức sắc phải đáp ứng được các điều kiện của tín đồ nêu trên.
Hệ thống chức sắc của Giáo hội Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam gồm có các phẩm vị:
+ Môn Tu Huệ gồm các phẩm vị Huấn sư, Giảng sư, Phó Giảng sư, Giảng viên, Thuyết Trình viên;
+ Môn Tu Phước gồm các phẩm vị Huấn sư Y khoa, Giảng sư Y khoa, Phó Giảng sư Y khoa, Giảng viên Y khoa, Chức sắc Y tế Phước thiện bậc 2.
– Chức việc là những người giữ các vị trí trong các Ban (Ban Trị sự các cấp và các Ban giúp việc cho Ban trị sự trung ương), được bầu cử theo nhiệm kỳ.
Hiện nay, chức việc của Giáo hội Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam được phân định như sau:
1. Cấp Trung ương có Ban Trị sự Trung ương, đứng đầu là chức danh Chánh Hội trưởng. Ban Trị sự Trung ương là cấp quản lý – điều hành cao nhất của Giáo hội Tịnh Độ Cư Sĩ Phật Hội Việt Nam.
2. Cấp Tỉnh/Thành có Ban Trị sự Tỉnh/Thành hội, đứng đầu là chức danh Hội trưởng.
3. Cấp Phường/Xã có Ban Trị sự Chi hội, đứng đầu là chức danh Trưởng ban.
Để thực hiện công tác quản lý tổ chức, kinh tế, xã hội theo đúng tôn chỉ của Giáo hội Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam, Ban Trị sự Trung ương được thành lập thêm những ban phụ tá, gồm:
1. Ban Đạo đức và Ban Chấp hành Đạo đức Trung ương: Phụ trách công tác đạo đức, đào tạo và giảng dạy giáo lý.
2. Ban Y tế Phước thiện Trung ương: Phụ trách các phòng thuốc Nam Y Dược – Đông Y – Tây Y, đào tạo và giảng dạy.
3. Ban Hộ đạo: Phụ trách việc liên lạc và đoàn kết của nữ Tín đồ, hỗ trợ các hoạt động của Ban Trị sự Trung ương.
4. Ban Kinh tế: Phụ trách phát triển kinh tế.
5. Ban Thanh thiếu nhi Tịnh độ phụ trách các hoạt động Thanh thiếu nhi trong Giáo hội.
Tổ chức nhiệm vụ, quyền hạn của các Ban phụ tá sẽ được cụ thể hóa ở Nội quy do Ban Trị sự Trung ương ban hành.