Từ đó đến đầu thế kỷ XX, Nam Kỳ đã dung nạp những người khẩn hoang can đảm đến từ nhiều địa phương, mang theo văn hóa, tín ngưỡng khác nhau đã tạo nên một vùng đất cởi mở, dễ chấp nhận sự khác biệt.
Khi người Pháp chiếm Nam Kỳ vào cuối thế kỷ XIX. Lúc đó, Nam Kỳ đã là một vùng đất đa tín ngưỡng, người Khmer theo Phật giáo tiểu thừa; người Chàm theo ảnh hưởng của Ấn giáo, Hồi giáo, Phật giáo; tín đồ Thiên Chúa giáo lánh nạn diệt đạo của triều đình; những người Hoa phản Thanh phục Minh đến chung sống với người Việt đã chịu ảnh hưởng của Tam giáo (Phật giáo, Khổng giáo và Nho giáo), trọng tình nghĩa huynh đệ, trung can nghĩa khí.
Không chỉ duy trì sự hòa đồng về tôn giáo, người dân còn chấp nhận, khám phá những tín ngưỡng mới nhằm chung sống với cảnh loạn ly khi người Pháp cai trị đất Nam Kỳ: Thế Chiến thứ Nhất bùng nổ ở châu Âu, sự cai trị hà khắc của người Pháp, phong trào chống Pháp quyết liệt ở miền Nam, phong trào Duy Tân truyền cảm hứng cải cách xã hội, v.v.
Với tương lai bất ổn như vậy, dân chúng dễ tin vào những thế lực siêu nhiên để an toàn giữa cuộc ly loạn. Hồ Lê đã mô tả niềm tin những người dân Nam Kỳ tin vào thế lực siêu nhiên như sau: “Trong bối cảnh [chiến tranh, nghèo đói, áp bức] như vậy, người dân Nam Bộ [Nam Kỳ] tự nhiên phải tin tưởng nhiều vào sự hên, xui, may, rủi. Và để khỏi bị xui, bị rủi thì họ phải khấn vái, cầu xin sự phò hộ độ trì của Trời phật, thần linh, tổ tiên ông bà và cả những người ‘khuất mặt’”.
Trong sự xáo trộn đó, phong trào Thông linh học hay “cầu cơ” bắt đầu được phổ biến ở Nam Kỳ nhằm liên lạc với các linh hồn. Việc tiếp xúc với các linh hồn cũng là một phần trong thực hành Đạo giáo. Những đàn cơ được lập dựa trên hướng dẫn trong các cuốn sách Thông linh học của Tây Phương đang thịnh hành lúc bấy giờ. Người Pháp cấm những hoạt động này nhưng dân chúng vẫn âm thầm đến các đàn cơ.
Người cầu cơ thường có ba nhóm chính. Một nhóm hỏi về chuyện thời sự để biết tương lai của đất nước. Nhóm khác thì mượn đàn cơ để mua vui, nhận các bài thi phú. Nhóm còn lại đông đảo hơn cả là tầng lớp bình dân, họ cầu cơ để xin thuốc chữa bệnh, cầu thọ,… Cầu cơ có nhiều thuật khác nhau nhưng phổ biến là xây bàn và dùng ngọc cơ.
Nhà nghiên cứu Lê Anh Dũng sưu tầm được những tài liệu ghi rằng từ năm 1913, trong vài đàn cơ ở một số tỉnh Nam Kỳ đã xuất hiện danh xưng Cao Đài nhưng không được chú ý. Mãi đến những năm 1920 thì đạo Cao Đài mới có được những môn đồ đầu tiên.
