Giai đoạn một
Đó là giai đoạn Phật giáo vào thời Bắc thuộc. Phật giáo được cho là truyền vào Việt Nam (Giao Châu) từ thế kỷ III-II tr.TL và phổ biến rộng rãi vào thế kỷ thứ II TL. Suốt khoảng 1.000 năm Bắc thuộc từ khi bị đô hộ cho đến khi độc lập tự chủ vào năm 938, Phật giáo Việt Nam tồn tại không thể không bị ảnh hưởng bởi văn hóa của quốc gia đô hộ.
Trong thời gian này, Phật giáo Việt Nam có Thiền sư Khương Tăng Hội người Việt dạy thiền và có hai dòng thiền là Tỳ-ni-đa-lưu-chi do Tổ sư người Ấn sáng lập và dòng thiền Vô Ngôn Thông do Tổ sư người Hoa sáng lập. Hai dòng thiền này được du nhập vào Việt Nam. Dựa vào các sử liệu được công bố như Lịch sử Phật giáo Việt Nam của Lê Mạnh Thát, Việt Nam Phật giáo sử luận của Nguyễn Lang…,
Phật giáo Việt Nam giai đoạn Bắc thuộc đồng hành cùng dân tộc chống ngoại xâm nhưng chưa cho thấy đặc điểm khác biệt nổi bật của Phật giáo Việt Nam so với Phật giáo Trung Quốc về sinh hoạt, pháp tu… Có chăng là tên gọi của các dòng thiền và các vị Tổ sư các đời kế thừa.
Như vậy, giai đoạn này Phật giáo Việt Nam phát triển nhưng để chứng minh Phật giáo Việt Nam (khu vực miền Bắc Việt Nam ngày nay) có đặc điểm riêng so với Phật giáo các nước thì cần phải nghiên cứu và công bố.
Giai đoạn hai
Phật giáo dưới thời Lý và Trần (thuộc khu vực Bắc và Bắc Trung Bộ Việt Nam ngày nay). Phật giáo Việt Nam giai đoạn này phát triển rực rỡ và được xem như là quốc giáo nên được nhà nước quan tâm phát triển. Có nhiều vua quan là thiền sư, Tổ sư như Trần Thái Tông, Trần Nhân Tông…
Phật giáo Việt Nam vào thời Trần có dòng thiền Trúc Lâm riêng của Việt Nam mặc dù đó là sự thống nhất ba dòng thiền được du nhập vào Việt Nam trước đó. Dòng thiền Trúc Lâm ra đời được tổ chức như Giáo hội có chức năng quản lý Tăng Ni tu học và sinh hoạt. Các thế hệ thiền sư tiếp nối được ghi nhận là 18 đời.
Có thể nói đây là thời kỳ Phật giáo phát triển rực rỡ nhất ở Việt Nam với dòng thiền (cũng là Giáo hội) đặc trưng riêng của Việt Nam do thiền sư người Việt sáng lập. Tuy nhiên, một số tác phẩm văn học và nghiên cứu, sáng tác của các thiền sư để lại hiện còn khá khiêm tốn để tạo nên một Phật giáo Việt Nam rõ nét. Do đó, việc truy tìm các tư liệu để nghiên cứu đặc trưng của Phật giáo Việt Nam giai đoạn này là rất cần thiết.
Giai đoạn ba
Phật giáo sau thời Lý và Trần đến nay vẫn được duy trì nhưng sau đó phần lớn đi theo phong cách Phật giáo Trung Quốc do các Tổ sư người Hoa truyền dạy. Từ miền Trung trở vào Nam và một phần miền Bắc sinh hoạt tu tập theo phong cách này.
Tăng Ni các tự viện từ Trung vào Nam đều có nguồn gốc từ hai dòng thiền Trung Hoa là Lâm Tế và Tào Động.
Thế kỷ XX, Phật giáo Việt Nam có thêm Phật giáo Nam tông, Phật giáo Khất sĩ, dòng thiền Trúc Lâm do Thiền sư Thanh Từ phục hưng và dòng thiền Làng Mai do Thiền sư Nhất Hạnh sáng lập. Trong đó, các dòng thiền có nguồn gốc từ Phật giáo Trung Quốc chỉ phản ánh danh nghĩa hình thức kế tục dòng thiền chứ không tạo nét thiền đặc trưng riêng của Phật giáo Việt Nam qua phương pháp tu tập và tác phẩm kinh sách hướng dẫn.
Tóm lại, chưa có nội dung mang nét đặc trưng Phật giáo Việt Nam được giảng dạy, ứng dụng trong đời sống tu tập của tín đồ Phật tử, ngoại trừ các nghi thức tụng niệm và nghi cúng được dịch ra tiếng Việt từ các nghi thức của các Tổ sư người Hoa biên soạn.
Phật giáo Khất sĩ, thiền Trúc Lâm do Thiền sư Thanh Từ phục hưng và thiền Làng Mai dù là thiểu số nhưng đã khẳng định được nét đặc trưng riêng của Phật giáo Việt Nam.
