Mâu thuẫn giữa đạo Tin lành và Công giáo đã diễn ra dưới nhiều hình thức trong nhiều thế kỷ, bao gồm mâu thuẫn chính trị, kinh tế và xã hội, cũng như tranh chấp tôn giáo. Trong một số trường hợp, những mâu thuẫn này được thúc đẩy bởi sự khác biệt về thần học, trong khi ở những trường hợp khác, chúng được thúc đẩy bởi những cân nhắc thực dụng hơn.
Vào thế kỷ 16, cuộc Cải cách Tin lành đã thách thức quyền lực của Giáo hội Công giáo và dẫn đến việc thành lập một số giáo phái Tin lành mới, mỗi giáo phái có tín ngưỡng và thực hành riêng. Điều này gây ra một làn sóng mâu thuẫn tôn giáo và chiến tranh, đặc biệt là ở Đức và Hà Lan, nơi các lãnh thổ Công giáo và Tin lành thường mâu thuẫn về các vấn đề chính trị và kinh tế.
Một trong những xung đột quan trọng nhất giữa những người theo đạo Tin lành và Công giáo là Chiến tranh Ba mươi năm, bắt đầu từ năm 1618 và kéo dài đến năm 1648. Cuộc xung đột này bắt đầu như một tranh chấp giữa các quốc gia Tin lành và Công giáo ở Đức về các vấn đề chính trị và tôn giáo, nhưng nó nhanh chóng leo thang thành một cuộc chiến tranh châu Âu rộng lớn hơn có sự tham gia của một số cường quốc Chiến tranh dẫn đến cái chết của hàng triệu người và sự tàn phá của nhiều cộng đồng, và nó có tác động lâu dài đến chính trị và tôn giáo châu Âu.
Ở một số vùng, chẳng hạn như Bắc Ireland, mâu thuẫn giữa những người theo đạo Tin lành và Công giáo đã mang tính chất chính trị và xã hội hơn. Ở Bắc Ireland, sự chia rẽ giữa những người theo đạo Tin lành và Công giáo phần lớn bắt nguồn từ những bất bình lịch sử và các vấn đề chính trị, hơn là sự khác biệt về tôn giáo. The Troubles, giai đoạn mâu thuẫn giáo phái ở Bắc Ireland kéo dài từ cuối những năm 1960 đến cuối những năm 1990, dẫn đến hàng nghìn cái chết và để lại những vết sẹo sâu cho cộng đồng.
Ngày nay, trong khi vẫn còn những căng thẳng giữa những người theo đạo Tin lành và Công giáo ở một số vùng, thì nhìn chung đã có một mức độ khoan dung và hiểu biết lớn hơn giữa hai nhóm. Nhiều người nhận ra rằng mặc dù có sự khác biệt về niềm tin và thực hành, nhưng cũng có nhiều điểm tương đồng và giá trị chung giữa Tin lành và Công giáo. Trong một số trường hợp, đã có những nỗ lực thúc đẩy hòa giải và thu hẹp khoảng cách giữa hai tôn giáo này.
