Theo dòng lịch sử, năm 1919, cha Larmurier, vị thừa sai Đa Minh thuộc Tỉnh dòng Lyon được cử đi thiết lập giáo xứ Bản Lìm, đồng thời ngài cũng truyền giáo ở những vùng xung quanh chân núi Mẫu Sơn, trong đó có vùng Lộc Bình. Như thế, tiền thân của Nhà thờ Lộc Bình là ngôi nhà nguyện do cha Larmurier phụ trách.
Từ năm 1938, Nhà thờ giáo xứ Lộc Bình được xây dựng do Đức cha Micae Nguyễn Khắc Ngữ, khi còn là Linh mục coi sóc nơi đây. Vì nhiều lý do, mặc dù Nhà thờ được xây dựng xong, nhưng cha Micae vẫn chưa thể hoàn tất tháp chuông Nhà thờ.
Vì thời cuộc cộng với sự xói mòn của thời gian nên ngôi Nhà thờ này đã bị xuống cấp trầm trọng. Từ năm 2011, giáo xứ bắt tay vào việc sửa chữa và xây dựng lại Nhà thờ với sự hỗ trợ vật chất, tinh thần của linh mục chính xứ, Giáo phận, giáo dân và ân nhân xa gần.
Thực tế, việc sửa chữa Nhà thờ nhưng gần như mới hoàn toàn, chỉ còn lại các bức tường, các cột và mái Nhà thờ xuống cấp, mục ruỗng.
Công việc trùng tu kéo dài qua rất nhiều năm, qua nhiều sự coi sóc linh mục quản xứ và đến ngày mùng 5 tháng 11 năm 2012 Nhà thờ mới hoàn thành và Thánh hiến dâng lên Thiên Chúa.
Nhà thờ mới đã nhận tước hiệu Thánh Giuse làm quan thầy, giáo xứ cầu xin sự chăm sóc và bảo vệ của Ngài như khi xưa Ngài đã chăm sóc và bảo vệ Mẹ Chúa và Hài Nhi Giêsu.
