Giáo xứ Nam Trực trước đây là giáo họ lẻ của giáo xứ Thạch Bi. Khoảng năm 1750, dân từ Kiên Lao, Ninh Cường, Quần Phương, Ninh Bình, Nam Định và vùng lân cận tới vùng đất Nam Trực khai khẩn lập ấp, trong số đó đa phần là người Công giáo. Năm 1800, được sự giúp đỡ của Bề trên, giáo hữu cùng nhau góp công của xây dựng Nhà thờ và giáo họ Nam Trực được thành lập.
Năm 1930, Đức cha Munagorri Trung xét lợi ích cho giáo hữu, ngài lấy họ Nam Trực, Đạo Quỹ, Đồng Quỹ và Cổ Nông lập thành một giáo xứ mới lấy tên là giáo xứ Nam Trực, gồm 3 họ lẻ: Đồng Quỹ, Đạo Quỹ và Đông Nam Trực và nhận Đức Mẹ Mân Côi làm quan thầy.
Nhà thờ Giáo xứ Nam Trực được xây dựng năm 1913, dài 45m, rộng 16m, cao 15m và được đại tu năm 1999. Tổng diện tích khu vực Nhà thờ, nhà xứ là: 1.800m2.
